Фамилия Каботов — одна из тех, где даже при небольшом объёме данных можно найти интересную загадку. В её основе лежит прозвище Кабот, и главная версия ведёт нас к морю. Слово «каботаж» (прибрежное грузовое судоходство) пришло в русский язык из французского через испанское саbо — «мыс». Скорее всего, предок Каботовых был моряком, судовладельцем или купцом, занимавшимся перевозками вдоль побережья. В XVIII–XIX веках каботажное плавание было распространено на Чёрном, Балтийском и Каспийском морях, так что географически фамилия могла закрепиться в южных или северо-западных портовых городах.

Менее правдоподобная гипотеза связывает прозвище с французским cabot — «дворняга, беспородная собака». Эта версия слабее по двум причинам. Во-первых, прозвища от названий домашних животных в русской традиции обычно образовывались от русских, а не от заимствованных слов. Во-вторых, маловероятно, чтобы редкое французское просторечное слово вошло в обиход в русской деревне. Поэтому «морская» версия остаётся основной.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую модель образования фамилий от прозвищ или имён, оканчивающихся на твёрдый согласный. Потомка человека по прозвищу Кабот называли «Каботов сын», а затем это закрепилось как фамилия. Интересно, что фамилия редкая и не встречается в массовых реестрах дворянских родов, что говорит о её происхождении в среде посадских людей, купцов или вольных матросов.