Фамилия Кобурнеева — редкий пример, где географическая привязка перевешивает все прочие версии происхождения. Её основа, «Кобурн», почти наверняка не славянская, а западноевропейская. Самое прямое объяснение — связь с шотландской фамилией Кобурн (Cockburn), которая произносится как «Ко́берн». В России эта фамилия могла появиться через выходцев из Шотландии, служивших в русской армии или приглашённых на работу в XVIII–XIX веках. Приставка «-еев» в окончании — типичный русский суффикс притяжательности, адаптировавший иностранную основу под местную модель: Кобурн → Кобурнеев (чей?).

Менее вероятна, но возможна версия от тюркского прозвища. В тюркских языках есть корень «кобур» — кобура, чехол для оружия. Прозвище Кобурня мог получить оружейник или воин, носивший заметную кобуру. Однако фамилия с таким корнем обычно писалась бы как Кобурев или Кобурин. Форма Кобурнеев с двойным суффиксом (-н- и -еев) скорее указывает на переоформление иноязычной фамилии, чем на исконное прозвище.

Суффикс «-еев» в русской ономастике встречается реже, чем «-ов» или «-ин», и чаще всего маркирует фамилии, образованные от основ на мягкий согласный или от иностранных имён (ср. Андреев, Тимофеев). В случае с Кобурнеевым этот суффикс мог закрепиться, чтобы избежать неблагозвучного «Кобурнов». Фамилия явно не крестьянская: в центральных губерниях России такие «иностранные» фамилии чаще носили дворяне, офицеры или обрусевшие иностранцы. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Кобурне́ева, что тоже отличает её от типичных русских фамилий с ударением на суффикс.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Если судить по современным базам данных, основные носители сосредоточены на юге России и в Поволжье — регионах, где исторически селили иностранных специалистов и военнопленных. Таким образом, Кобурнеева — это не «сын Кобурна», а скорее «дочь/жена того, кто носил фамилию Кобурн», и сама фамилия — памятник миграции и адаптации западноевропейского имени в русской языковой среде.