Скорее всего, фамилия Кобыскан образована от аналогичного прозвища, которое восходит к топониму Кобыска: так называется село, расположенное в долине реки Бык, правого притока Днестра. Следовательно, основатель рода Кобыскан мог быть выходцем их этого села. Согласно другой гипотезе, прозвище Кобыскан восходит к румынскому глаголу cobesc – «предвещать несчастье». В таком случае его мог получить знахарь, ведун. Компонент -ан представляет собой топонимический суффикс, который использовался в Молдавии и на Украине.