Фамилия Кодонцева образована от прозвища или мирского имени Кодонец. Суффикс -ец в основе указывает на человека, связанного с местом или предметом, названным корнем «кодон». Само слово «кодон» в русских говорах имело два основных значения: либо «кошель, сумка» (от тюркского «кодан» — мешок), либо «колокольчик, бубенчик» (звукоподражательное). Таким образом, Кодонцем могли прозвать либо мастера, делавшего колокольцы, либо торговца, носившего с собой большой кошель, либо человека, получившего такое прозвище по какой-то внешней особенности — например, за любовь к звонкой одежде.

Модель образования фамилии типична для севера и севера-востока России: основа на -ец плюс притяжательный суффикс -ов. Сначала появилось прозвище Кодонец, затем отчество Кодонцев (чей? — сын Кодонца), а женская форма Кодонцева — это уже фамилия по мужу или отцу. В отличие от более частотных фамилий на -ов/-ев от простых имен (Иванов, Петров), здесь мы видим редкую основу, почти не встречающуюся в центральных областях.

В некоторых диалектах встречается вариант «кодон» в значении «глухой звук, стук» — возможно, прозвище дали человеку с глуховатым голосом или тяжелой походкой. Но версия с «кошелем» выглядит убедительнее: в старых писцовых книгах Вятки и Перми упоминаются крестьяне с прозвищем Кодон, носившие при себе кожаную суму.

Фамилия редкая, не входит в сотни самых распространенных русских фамилий. По переписям XIX века носители Кодонцевых встречались в основном в бывшей Вятской губернии и на Урале — в среде государственных крестьян, не знавших крепостного права. Суффикс -цев, а не -цов, указывает на устойчивое произношение с твердым «ц», что тоже характерно для северного наречия.