Фамилия Кофанова — женская форма, образованная от мужской Кофанов. В её основе, скорее всего, лежит украинское прозвище Кофан. В украинских говорах, граничащих с русскими, звуки «х» и «ф» часто смешиваются. Поэтому Кофан — это, по всей видимости, вариант прозвища Хован, которое имеет значение «любимый, милый». Такая замена звуков — характерная примета русифицированных украинских фамилий.

Другие версии происхождения менее убедительны, хотя и существуют. Например, связь с названием эквадорского индейского племени кофаны выглядит экзотичной и маловероятной для русской фамилии. Есть и гипотеза о турецких корнях: от слова «kofana» (мелкая рыба вроде сельди) или «kofa» (тростник). Но основная и самая естественная версия — славянская, через ласкательное прозвище.

Фамилия Кофанова — типичная по модели образования: к основе прозвища (Кофан) добавили русский патронимический суффикс -ов, а затем женское окончание -а. Изначально так называли жену или дочь человека по прозвищу Кофан.