Скорее всего, фамилия Кофанова образована от украинского прозвища Кофан – «любимый, милый». В переходных говорах от русского языка к украинскому звуки «х» и «ф» смешиваются и взаимно заменяют друг друга. Такая ситуация типична для русифицированных украинских фамилий. Менее вероятно, что в основе этой фамилии лежит название племени эквадорских индейцев – Кофаны. Существует и такая версия: эта фамилия образована от турецкого слова kofana – «мелкая рыба, похожая на сельдь», либо от kofa – «тростник». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Кофан, со временем получил фамилию Кофанова.