Фамилия Кофей — редкий случай, когда в основе фамилии лежит не имя и не профессия, а заморский продукт, который в России долгое время был диковинкой. Вопреки ожиданиям, предок носителя этой фамилии вряд ли торговал кофе или работал в кофейне. Скорее всего, фамилия имеет прозвищное происхождение: Кофеем могли прозвать человека за смуглый цвет кожи, напоминавший цвет кофейных зерен, или за привычку пить этот дорогой напиток, что в XVII–XVIII веках было признаком достатка и барства. Прозвище давали в насмешку или, наоборот, с уважением — в зависимости от контекста.

Словообразовательная модель здесь нестандартна. Фамилия оформлена нулевым суффиксом (чистая основа), что для русских фамилий редкость. Обычно к основе добавляли -ов, -ев или -ин, но Кофей сохранил форму прозвища без изменений. Это наводит на мысль, что фамилия могла закрепиться в среде, где не было строгой традиции патронимических суффиксов — например, в мещанской или купеческой среде, а возможно, и среди крестьян, получивших фамилию от барина по прозвищу.

Версия о происхождении от профессии («кофейщик», «кофевар») менее вероятна. В русском языке работника, торгующего кофе, называли «кофейник» или «кофевар», а не «кофей». Если бы фамилия была профессиональной, мы бы скорее увидели Кофейников или Кофеваров. Зато прозвище Кофей легко переходило в фамилию без дополнительных суффиксов, особенно в южных и западных регионах России, где украинское и белорусское влияние допускало такие формы.

Географически фамилия крайне редкая. В дореволюционных списках она почти не встречается, что подтверждает её позднее и, вероятно, единичное возникновение. В современной России носители Кофея — это, скорее всего, потомки одной семьи, получившей фамилию в XIX веке при переписи. Споров среди ономастов по поводу этой фамилии нет: все сходятся на прозвищной версии, связывая её с цветом кожи или пристрастием к напитку, а не с ремеслом.