Фамилия Кофтунов образована от прозвища Кофтун. Основа здесь — не слово «кофта» в современном бытовом смысле, а диалектное «кофта» или «кохта», которое в ряде русских говоров означало не только предмет одежды, но и нечто короткое, обрубленное, а также человека плотного, коренастого телосложения. Суффикс -ун указывает на деятеля или носителя признака: Кофтун — тот, кто носит или шьёт кофты, либо, по другой версии, человек с характерной фигурой (приземистый, широкоплечий). Фамильный суффикс -ов стандартно закрепил прозвище за потомками.

В русской ономастике фамилии с корнем «кофт-» встречаются нечасто, что делает Кофтунова более интересной для разбора. В отличие от массовых «кузнецовых» или «поповых», эта фамилия отсылает к узкому ремеслу или местному диалекту. В словаре В. Даля «кофта» зафиксирована как женская одежда, но в прозвищах она могла относиться и к мужчине — например, портному, который специализировался на таком виде одежды, или же к человеку, который любил одеваться в кофты (что для крестьянского быта было необычно и бросалось в глаза).

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, где диалектное слово «кофта» бытовало активнее. Встречается и вариант Кофтунов с ударением на первый или второй слог — это зависит от местного говора. Встретить её можно в документах XIX века среди мещан и крестьян, но в дворянских родословных она не зафиксирована: прозвище слишком бытовое, ремесленное.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Кофта, Кофтин, Кофтов — показывает, что все они идут от того же корня, но суффикс -ун выделяет Кофтунова как прозвище, указывающее на активное действие или характерный признак. Если Кофтин мог быть просто «сыном Кофты», то Кофтун — это уже более выразительное, «говорящее» прозвище, которое скорее давали за внешность или занятие, а не за имя.

Таким образом, предки носителей фамилии Кофтунов с высокой вероятностью были либо портными, либо людьми с заметной коренастой фигурой, и их прозвище закрепилось в официальной фамилии через стандартную модель «прозвище + -ов».