Фамилия Когабаев — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской или тюркской расшифровке без оговорок. На первый взгляд, типичная тюркская модель: корень + аффикс принадлежности -бай («богатый, хозяин»). Но если присмотреться, первая часть «Кога» ставит в тупик даже опытного ономаста.

Самая правдоподобная версия отталкивается от тюркского «кога» (или «кока») — «синий, зелёный», либо от «когу» — «лебедь». В таком случае Когабаев — «богатый, как лебедь» или «владелец синего (неба/воды)». Однако есть и более конкретная гипотеза: в казахском и ногайском языках «кога» — это осока, болотная трава. Тогда прозвище Когабай могли дать человеку, жившему у заросшего камышом озера, или тому, кто заготавливал осоку для кровли и подстилок. Суффикс -бай здесь не просто «богач», а типичный компонент личных имён у тюркских народов (ср. Алтынбай, Карабай), который со временем застыл в фамилии.

Менее вероятна, но любопытна связь с монгольским «хух» — «синий», через диалектные формы. В таком случае Когабаев мог означать «сын синеглазого» или «сын человека с синей (сакральной) меткой». Но эта версия требует допущения, что фамилия прошла через несколько языковых фильтров.

Русский суффикс -ев указывает, что фамилию адаптировали в русской среде, скорее всего, при переписи населения в XIX — начале XX века. Носители Когабаевых компактно встречаются в Оренбургской, Астраханской областях и в Казахстане — то есть в зоне исторического расселения казахов, ногайцев и татар. Социальный срез: предки, судя по прозвищу, не были ни знатными беками, ни рабами — скорее, свободные скотоводы или приозёрные земледельцы, чей быт был тесно связан с водой и степными травами.