Фамилия Коколус — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу наводит на мысль об иноязычной основе или искусственном, книжном происхождении. Скорее всего, перед нами фамилия, возникшая в духовной среде: в семинариях будущим священникам нередко давали фамилии, образованные от латинских или греческих слов. Коколус могло быть переделкой латинского cuculus — «кукушка» (в средневековой латыни встречается и форма cuculus). В семинарской практике такие «птичьи» фамилии давали либо по характеру, либо просто для благозвучия, не вкладывая глубокого смысла.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая, — фамилия могла возникнуть из прозвища, связанного с диалектным словом. В некоторых говорах «кокол» означало «петух» или «кочет», а суффикс -ус мог быть приставлен для придания фамилии «учёного» звучания, как это делали при записи крестьян в ревизские сказки XIX века. Однако прямых диалектных соответствий для «коколус» в русских говорах не зафиксировано, так что эта гипотеза остаётся слабой.

Третий вариант — фамилия могла быть заимствована из польского или украинского языков, где есть слово kokolus — так в некоторых регионах называли головной убор, клобук или капюшон. В этом случае предок мог быть монахом или человеком, носившим характерный головной убор, за что и получил прозвище. Но и тут данных для уверенного вывода мало.

География фамилии Коколус узкая. Встречается она в основном на западе России, в Брянской и Смоленской областях, а также в Беларуси. Это подтверждает возможное польское или украинское влияние. Сословно носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами — духовное происхождение не исключено, но для таких фамилий обычно характерна более широкая распространённость.

Единой и бесспорной версии происхождения фамилии Коколус нет. Самая правдоподобная — семинарская переделка латинского «кукушка». Остальные гипотезы остаются в области догадок.