Фамилия Кокота — один из тех случаев, когда внешне простая основа таит в себе несколько разных историй. Самое интересное здесь — это ударение и контекст, в котором фамилия возникла. Если ударение падает на второй слог (Кокота́), то перед нами, скорее всего, украинская или южнорусская фамилия, образованная от прозвища Кокот. В южных говорах «кокот» — это петух, а «кокотать» — кудахтать или громко, заливисто смеяться. Прозвище могли дать задиристому, голосистому человеку или, напротив, тому, кто любил громко хохотать.

Если же ударение на первый слог (Ко́кота), версия меняется. Здесь возможна связь с диалектным «кокот» в значении «кочка», «бугор» или «куча» (например, в новгородских говорах). В этом случае фамилия могла указывать на место жительства: человек, живший на возвышенности, у кочковатого болота. Такая топонимическая модель встречается реже, но она объясняет, почему фамилия могла закрепиться в северных регионах России.

Словообразовательно фамилия нестандартна. Суффикса -ов или -ин нет, что характерно для украинских фамилий на -а (типа Голота, Зозуля) или для русских фамилий, застывших в форме прозвища. В некоторых случаях Кокота могла быть и усечённой формой от фамилии Кокотов — то есть её «малороссийским» вариантом, когда семья переезжала и теряла окончание.

Спорных версий здесь немного, и самая слабая — связь с греческим «коккос» (зерно). Она не подкреплена географией бытования фамилии и выглядит натяжкой. Гораздо правдоподобнее, что предки носителя фамилии Кокота были либо людьми с ярким, «петушиным» характером, либо жителями местности с характерным рельефом. Встречается фамилия и у донских казаков, что тоже подтверждает её связь с южнорусскими говорами.