Фамилия Колдоркина — женская форма, мужская — Колдоркин. В её основе лежит прозвище, а точнее — два слова, которые в живой речи могли слиться в одно. Скорее всего, перед нами вариант фамилии Колдорогов или Колдорог, где вторая часть восходит к диалектному «дорога» (не путь, а дорогой, ценный человек). Первая часть — «колд-» — может быть искажённым «колдун» (колдун-дорогой) или же производным от глагола «колдовать» с тем же корнем. В любом случае, исходное прозвище звучало как Колдорогой или Колдорог — человек, которого называли «дорогим колдуном» или, в насмешку, «ценным чародеем».

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Колдоркин — сын Колдорки, то есть человека с прозвищем Колдорка (уменьшительная форма от Колдорог). Такая модель типична для северных и центральных русских говоров, где фамилии на -ин нередко образовывались от прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. Встречается она и в фамилиях с явно неканонической, бытовой основой — вроде Кривороткин или Голопузкин.

Географически фамилия редкая и привязана к регионам, где активно бытовали прозвища с корнем «колд-»: это Вологодчина, Архангельская область, отчасти Пермский край. В этих местах «колдуном» могли назвать не только знахаря, но и хитрого, себе на уме человека, а «дорогой» в прозвище часто означало не ласку, а указание на ценность для семьи или общины — например, долгожданный сын или хороший работник.

В написании фамилии возможны варианты: Колдаркина (через «а» в первом слоге) — это следствие аканья, когда безударное «о» произносится как «а», а на письме закрепляется ошибка писаря. Однако исходная форма с «о» — Колдоркин — исторически верна, и именно её стоит считать основной. Носители фамилии, если они сохранили семейные предания, могут вспомнить, что предка звали «Колдорогой» — это и есть ключ к разгадке.