Фамилия Колигойда — одна из тех, где не работает привычная «отчество от крестильного имени» или «от названия ремесла». Её основа — прозвище, и прозвище это, скорее всего, польское или западнорусское. Судя по финали -ойда, фамилия образована по модели, характерной для польских и белорусских фамилий: корень + суффикс -ойда (ср. Кривойда, Голойда). Такой суффикс часто придаёт слову пренебрежительный или уменьшительный оттенок, но в основе лежит вполне конкретный корень.

Первая часть — «коли-». В польском языке «kolić» означает «колоть», «накалывать», «колыхать», а в переносном смысле — «дразнить», «задирать». Вторая часть — «gajda» — это старинное польское слово, обозначавшее волынку или, шире, любой музыкальный инструмент, издающий гудящий звук. Но у «gajda» было и переносное значение — так называли неуклюжего, неповоротливого человека или того, кто медленно соображает.

Соединив эти две части, получаем прозвище «Колигойда». Самый прямой смысл — «дразнящий волынкой», то есть человек, который назойливо играет на волынке или, скорее, дразнит кого-то своей игрой. Но есть и вторая, более житейская версия: «колющий гайда» — человек, который «колет» (задирает, задевает) «гайду» (неуклюжего, медлительного человека). Иными словами, «задира» или «насмешник».

Фамилия Колигойда почти не встречается в центральной России. Её география — западные области: Брестская, Гродненская, частично Волынская. Это указывает на то, что предок носителя фамилии жил на территории Речи Посполитой, в польско-белорусском пограничье. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев, Колигойда не склонялась по мужскому роду как типичное отчество, а застыла в форме прозвища.

С точки зрения социального статуса, носители такой фамилии вряд ли принадлежали к знати. Прозвище, связанное с волынкой или насмешкой, — скорее крестьянское или мещанское, данное по характеру или привычке. Никаких известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её сугубо народное происхождение: это не фамилия рода, а прозвище одного человека, которое закрепилось за его потомками.