Фамилия Колменникова — женская форма, а мужская — Колменников. В основе её лежит не имя и не географическое название, а прозвище, связанное с конкретным занятием. Корень «колмен» — это искажённое «коломен», то есть житель или уроженец города Коломны. В старину выходцев из разных мест часто называли по месту прежнего жительства: коломенец, коломнич, отсюда и пошло прозвище Коломенник.

Суффикс «-ник» в таких прозвищах указывал на человека, имеющего отношение к чему-то: коломенник — «тот, кто из Коломны». Затем по модели патронимических фамилий (чьих будете? — Колменников) к основе добавился суффикс «-ов», что типично для центральных и северных регионов России. Таким образом, Колменников — это «сын Коломенника», потомок переселенца из Коломны.

Написание через «е» (Колменников) — результат упрощения и редукции безударной гласной, что часто встречается в фамилиях, образованных от географических названий. В документах XVIII–XIX веков могли писать и «Коломенников», но в быту закрепился более короткий вариант.

Фамилия редкая. Её носители, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды, так как прозвища по месту выхода типичны для непривилегированных сословий. Встречается она преимущественно в Поволжье и центральных областях России — там, куда в XVII–XVIII веках переселялись коломенские ремесленники и торговые люди.

Сравните с однокоренными фамилиями: Коломенцев (с суффиксом «-ец»), Коломнин (с другим суффиксом), Коломин. Все они ведут родословную к одному городу, но разными путями словообразования. Фамилия Колменникова — не про «кол» или «менять», а про вполне конкретную географию и историю передвижения людей.