Фамилия Колоберда — один из тех случаев, когда за привычным славянским звучанием скрываются тюркские корни. Самая убедительная версия выводит её из татарского личного имени Кулбирде (или Колбирде), что дословно переводится как «бог дал воина». Имя это было распространено в среде поволжских татар и башкир: имяобразующий компонент «бирде» («дал») указывал на вымоленного, дарованного свыше сына, а «кул» (в тюркских языках — «раб божий» или «воин») подчёркивал его предназначение. При переходе в русскую среду имя обросло типичным фамильным суффиксом -а, и Кулбирде превратилось в Колоберду — фамилию, которая фиксирует имя основателя рода без дополнительных патронимических окончаний.

Есть и топонимическая версия, которая связывает фамилию с названием сёл Келеберда. Здесь «кала» (тюрк. «город, крепость») соединяется с именем Берды — то есть «город Берды». Такие названия встречаются на территории бывшего Дикого поля, в частности в Полтавской и Черкасской областях Украины. Выходцы из этих мест могли получить прозвище по месту жительства, которое затем закрепилось как фамилия. Эта гипотеза объясняет и вариативность написания: в документах встречаются формы Келеберда, Колиберда и Колоберда.

Менее убедительна версия, возводящая фамилию к диалектному слову «галабурда» — «дебош, суматоха». Сторонники этой гипотезы считают, что прозвище Галабурда (или Калабурда) давали беспокойному, драчливому или суетливому человеку. Однако против этого говорит звуковой строй фамилии: замена начального «г» на «к» нехарактерна для русских говоров, а вот для тюркского заимствования — вполне обычна. К тому же в тюркских языках есть прямое соответствие «кала-бурда» («городская толчея»), что делает версию о прозвище-дебоше избыточной.

Фамилия Колоберда — редкая, её география тяготеет к южнорусским и украинским областям, что подтверждает связь с тюркским пограничьем. Встречаются варианты с ударением как на второй, так и на третий слог, что тоже указывает на неустоявшееся произношение при переходе имени в фамилию.