Фамилия Колобердин — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием -ин скрывается тюркская основа. Самая вероятная версия происхождения — от татарского личного имени Кулбирде (или Колбирде), что буквально означает «бог дал воина». Имя Кулбирде было распространено у татар и башкир, а его основа «бирде» (дал) часто встречается в составных именах, указывающих на дар свыше. Суффикс -ин в фамилии — стандартный русский патронимический показатель, отвечающий на вопрос «чей?»: Колобердин — сын Колоберды, то есть человека по имени Кулбирде.

Есть и вторая версия, связывающая фамилию с топонимом. На Украине и в России существуют села с названием Келеберда (например, в Полтавской области). Это название разбирают как «кала» (город, крепость по-татарски) и «Берды» (тюркское имя), то есть «город Берды». Если предок носителя фамилии был выходцем из такого села, его могли записать как Колобердин — по месту прежнего жительства. Такая модель образования фамилий (от названия населенного пункта с помощью суффикса -ин) встречается, хотя и реже, чем отчество.

Третья гипотеза — от прозвища Калабурда (или Галабурда), связанного с диалектным словом «галабурда» — дебош, беспорядок, суматоха. Прозвище могли дать беспокойному, драчливому или суетливому человеку. Эта версия менее правдоподобна: во-первых, слово «галабурда» редкое и локальное, во-вторых, переход начального «г» в «к» (Галабурда → Калабурда → Колоберда) нехарактерен для русской фонетики, а для татарского влияния — наоборот, естественен. К тому же имя Кулбирде дает прямое и простое объяснение без натяжек.

Таким образом, фамилия Колобердин — это, скорее всего, русифицированное отчество от тюркского имени со значением «бог дал воина». Носители фамилии, вероятно, имели татарские или башкирские корни, а сама фамилия закрепилась в русской среде через патронимический суффикс -ин.