Фамилия Колодынский образовалась от прозвища Колода. Слово «колода» многозначное, поэтому у прозвища могло быть несколько источников. Чаще всего Колодой называли человека по роду занятий. В разных ремёслах колодой называли особые приспособления: бортники выдалбливали из дерева ульи, водовозы крепили на телегу бочку, кожевники обрабатывали кожу на колоде, а ткачи навивали на неё нити. Так что основатель рода мог быть мастеровым, работа которого требовала такого инструмента.

Есть и другая профессиональная версия — от украинского слова «колодiй» (колесник). В этом случае Колодой называли мастера, который делал и чинил колёса. Такое толкование особенно вероятно для западнорусских и украинских земель, где фамилии на -ский встречаются чаще.

Но прозвище могло относиться и к чертам характера. В диалектах глагол «колодить» означал «упрямо твердить одно и то же». Так Колодой могли прозвать скучного или въедливого человека. Наконец, в уголовной среде «колода» означала кандалы, арестанта или каторжника — эта версия маловероятна для фамилии, но полностью исключать её нельзя.

Суффикс -ский указывает, что фамилия оформилась по польско-шляхетской модели, распространённой среди украинской и белорусской знати, а позже — среди духовенства и мещан. Колодынский — это не просто «сын Колоды», а скорее «выходец из местности, связанной с Колодой», или потомок человека, чьё прозвище закрепилось как родовое имя. Точных сведений о сословной принадлежности рода нет, но суффикс намекает, что предки могли быть не крестьянами, а людьми, имевшими отношение к административной или военной службе.