Фамилия Колофатова — женская форма, а мужская, Колофатов, образована по стандартной модели: от прозвища или мирского имени с помощью патронимического суффикса -ов. Это указывает, что предка мужского пола звали Колофат, и его потомки стали Колофатовыми.

Разбор основы — самая интересная часть. Слово «колофат» не встречается в современных словарях русского литературного языка. Наиболее правдоподобная версия связывает его с диалектным «колофа́т» или «колофа́тка» — так в ряде южнорусских и украинских говоров называли болтуна, пустомелю, человека, который говорит бестолково или слишком много. Корень «коло-» здесь может быть связан с глаголом «колотить» (языком), а «-фат» — звукоподражательная или экспрессивная часть, усиливающая пренебрежительный оттенок. Эта версия опирается на типичную модель образования прозвищ по характерному поведению, и она же объясняет редкость фамилии: прозвище Колофат не было лестным, а значит, его давали нечасто.

Менее вероятна, но возможна связь с греческим словом «колофа́с» (κολοφάς) — «завершение», «вершина». В этом случае прозвище могло означать «последний» (например, поздний ребенок в семье) или «завершитель». Однако для русского быта греческий корень без посредничества церкви или торговли маловероятен, поэтому диалектная версия предпочтительнее.

Фамилия редкая, географически привязана в основном к югу России — Воронежской, Ростовской областям, а также к востоку Украины. Это подтверждает диалектную природу прозвища. По сословной принадлежности Колофатовы, скорее всего, были крестьянами или мещанами: прозвища с бытовой, часто ироничной окраской редко встречаются у дворянства.

Таким образом, фамилия Колофатова ведет начало от прозвища болтливого или вздорного человека. С течением времени прозвище утратило негативный оттенок и стало фамильным именем.