Фамилия Колофатов — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает первоначальный смысл. Если произнести её вслух, слышится «Колофатов», но в старых документах и говорах она могла звучать иначе. Скорее всего, в основе лежит прозвище «Колофат» — вариант слова «коловрат» или «коловорот». В русских диалектах «колофат» (или «колофрат») означало не только инструмент для сверления, но и непоседливого, вертлявого человека — того, кто «ходит колом», крутится на месте. В этом случае фамилия образована по простой модели: прозвище + суффикс принадлежности -ов, то есть «сын Колофата».

Вторая версия, менее очевидная, но возможная: основа могла прийти из греческого языка через церковную среду. Греческое «колофос» (κολοβός) переводится как «куцый, обрубленный, короткий». В южнорусских и украинских землях, где было сильно влияние греческой письменности, такое прозвище могло закрепиться за человеком с физическим недостатком — например, без пальца или низкорослым. Суффикс -ат- в таком случае превращал греческий корень в русское прилагательное «колофатый» (куцый), а потом уже в фамилию. Правда, эта цепочка сложнее, и без документальных подтверждений остаётся гипотезой.

Сама фамилия — штучная, нераспространённая. Встречается в основном на юге России и в Поволжье, что типично для прозвищ, связанных с ремёслами или диалектными чертами. Владельцы фамилии Колофатов в XVIII–XIX веках чаще всего были государственными крестьянами или однодворцами — то есть людьми, не знавшими крепостной зависимости, но обязанными платить подати. Сословной элиты среди Колофатовых не зафиксировано, что тоже говорит в пользу «ремесленной» или «прозвищной» версии происхождения.

Если опираться на простоту словообразования, первая версия — от прозвища «Колофат» в значении «непоседа» или «мастер по коловороту» — выглядит убедительнее. Греческий след возможен, но для него нет достаточных бытовых оснований: слишком сложный путь от греческого корня до русской фамилии с двойным суффиксом.