Фамилия Коломкин образована от прозвища Коломка, и её корни уходят в древнерусскую и финно-угорскую языковую среду. В древнерусском языке существовали слова «коломище» и «коломки» — так называли языческие курганные кладбища. Лингвисты связывают эту основу с финно-угорским корнем kalm или kolm, что значит «смерть» или «могила». Скорее всего, Коломкой прозвали человека, который жил рядом с кладбищем или занимался копкой могил. Это довольно редкая для русских фамилий модель, указывающая на место проживания или род занятий, связанный с погребальными обрядами.

Менее вероятна версия, что прозвище произошло от слова «коломак» — так называли загустевший на осях телеги дёготь. В этом случае Коломка мог быть мастером, который смазывал колёса, то есть прозвище относилось бы к профессиональным именованиям. Однако первая гипотеза выглядит убедительнее: географическая привязка к курганным могильникам встречается в ономастических исследованиях чаще, чем связь с дёгтем. В любом случае, прозвище закрепилось за предком, а затем через суффикс -ин (указывающий на принадлежность: «чей?» — Коломкин) перешло в фамилию. Так потомок человека по прозвищу Коломка стал Коломкиным.