Фамилия Коломотова — женская форма, а мужская — Коломотов. Её основа — прозвище или неканоническое имя Коломот. Слово «коломот» в русских говорах означало «смута, тревога, беспорядок, суматоха». В словаре Владимира Даля «коломот» — это «вздор, пустяки, бестолочь». Соответственно, прозвище Коломот могли дать человеку суетливому, непоседливому, склонному к спорам и переполоху, либо, наоборот, иронично — тому, кто постоянно создавал шум и неразбериху вокруг себя.

Образование фамилии типично для центральной России: суффикс -ов присоединился к основе, оканчивающейся на твёрдый согласный. По модели Унбегауна, такие фамилии чаще всего возникали в среде крестьян и посадских людей в XVI—XVII веках, когда прозвища переходили в наследственные именования. Ареал фамилии Коломотовых — преимущественно южные и центральные области: Воронежская, Тамбовская, Рязанская, а также Поволжье. В переписных книгах XVII века встречаются отдельные упоминания крестьян с прозвищем Коломот, но массово фамилия фиксируется позже, в ревизских сказках XVIII—XIX веков.

Есть и другая, менее вероятная версия: от тюркского имени или прозвища, где «кол» — рука, а «мот» — могло быть искажением. Но она не подтверждается ни географией, ни словообразованием — суффикс -ов указывает на славянскую основу, а не на заимствование. Поэтому основная гипотеза остаётся единственной правдоподобной: фамилия произошла от прямого прозвища по характеру или поведению, без участия церковного имени.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «коломот» употреблялось и как название нехитрого крестьянского инструмента — например, приспособления для взбалтывания или перемешивания. Если так, прозвище могло относиться к человеку, который делал или использовал такой инструмент, но это уже частная региональная гипотеза, не отменяющая основного значения.