Фамилия Колонча — редкий пример того, как народная этимология и фонетические процессы изменили звучание слова. В основе лежит тюркское заимствование «каланча» (от тюрк. «крепость»), которое в русском языке закрепилось в двух значениях: сторожевая башня и, в переносном смысле, очень высокий человек. В фамилии произошла замена гласного «а» на «о» — «Колонча» вместо ожидаемого «Каланча». Такое чередование нередко встречается в говорах и при устной передаче прозвищ.

Фамилию могли дать по профессии: предок мог быть сторожем на каланче — пожарным наблюдателем или дозорным. Вплоть до конца XIX века каланча была главным средством обнаружения пожаров: на ней висел колокол, стояла сигнальная мачта, а дежурный следил за горизонтом. С развитием телефонной связи эта должность исчезла, но прозвище осталось в фамилии. Не исключён и второй вариант: Колончой в народе дразнили долговязого, худощавого человека — такое прозвище могло закрепиться за кем угодно, независимо от занятия.

Суффикс -а в фамилии указывает на её происхождение от прозвища, а не от крестильного имени. Модель образования простая: прозвище → фамилия без дополнительных суффиксов (Колонча → Колонча). Такие «неоформленные» фамилии чаще встречаются на Украине и в южнорусских регионах, где окончание -а сохраняется в родовом имени. По географии бытования фамилия редкая, встречается в основном в центральных и южных областях России. Других однокоренных фамилий, например Колончин или Колончов, почти не зафиксировано, что делает Колончу ономастически изолированной.