Фамилия Колончины — редкий случай, когда народная этимология слегка изменила звучание заимствованного слова, но сохранила его смысл. В основе лежит прозвище Колонча, а оно, в свою очередь, восходит к слову «каланча». Каланчой называли сторожевую вышку пожарной части или дозорную башню в крепости. Само слово пришло из тюркских языков, где означало «крепость». Такая башня была оснащена колоколом, площадкой для дежурного и мачтой для сигнальных флагов и фонарей. С развитием телефонной связи каланча утратила своё практическое значение, но осталась в языке и в фамилиях.

Прозвище Колонча могли дать по профессии: сторожу, наблюдателю или пожарному, который нёс службу на вышке. Но есть и вторая, не менее вероятная версия. В народе «каланчой» часто называли очень высокого, худощавого человека. Такое прозвище легко приживалось и закреплялось за человеком, заменяя имя. Именно от этого прозвища и образовалась фамилия Колончин, то есть «сын Колончи» или «потомок Колончи».

Модель образования проста и типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность к роду. В документах фамилия могла писаться как через «о» (Колончин), так и через «а» (Каланчин), в зависимости от местного говора и грамотности писаря. Точное время и место возникновения фамилии установить сложно — такие прозвища могли появиться независимо в разных регионах, где были пожарные каланчи или где жили люди высокого роста.