Фамилия Колончина — одна из тех, что образованы от прозвища, а не от крестильного имени. Основа здесь — прозвище Колонча, и оно ведет к двум разным, но одинаково правдоподобным версиям происхождения.

Первая версия — профессиональная. Слово «каланча» (в народном произношении нередко «колонча») означает сторожевую вышку: пожарную, крепостную или дозорную. Само слово тюркского происхождения и в исходном значении — «крепость». На каланче дежурил человек, следивший за пожарами или передвижением врага, подававший сигналы колоколом, флагами или фонарями. Прозвище Колонча могли дать именно такому сторожу-наблюдателю. С развитием телефонной связи каланчи утратили свою роль, но фамилия осталась.

Вторая версия — по внешнему признаку. Колончой в народе часто называли очень высокого, долговязого человека — по аналогии с высокой башней. В этом случае прозвище никак не связано с родом занятий, а просто описывает приметную внешность.

Модель образования фамилии простая: к основе Колонч- добавился суффикс -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Колончин, то есть сын или потомок Колончи. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имен, оканчивающихся на -а/-я.

В написании фамилии закрепилось «о» в первом слоге (Колончин), хотя исходное слово — «каланча». Это результат народной этимологии и акающего произношения, которое на письме отразилось как «о». Так что не стоит искать в фамилии «колону» или «колоть» — её корень уходит в сторожевые вышки и тюркские заимствования.

К какому из двух вариантов — профессиональному или «ростовому» — восходит конкретная семейная история, теперь можно только гадать. Но оба они вполне реальны и одинаково часто встречаются в русской ономастике.