Фамилия Колыбашкина — женская форма фамилии Колыбашкин. Основа фамилии — прозвище Колыбашка. Слово «колыбашка» в русских говорах имело несколько значений, но центральное из них — «толстяк», «коротышка», «неуклюжий человек». В. И. Даль в своём словаре фиксирует «колыбашка» как «круглыш, обрубыш, коротыш». Прозвище могли дать человеку приземистому, плотного телосложения или маленького роста.

Менее распространённая, но тоже возможная версия связывает прозвище с «колыбать» — качать, колыхать. В этом случае Колыбашкой могли назвать человека с нетвёрдой походкой, «шатуна» или того, кто постоянно покачивался при ходьбе. Однако первое толкование — через «коротышку» или «толстяка» — встречается в ономастических источниках чаще и считается основным.

Суффикс -к- в основе (Колыбашк-а) указывает на уменьшительно-пренебрежительную или просто обиходную форму: не просто Колыба, а Колыбашка. Такая модель типична для прозвищ, которые закреплялись за человеком в быту. Фамилии на -ин (-ын) образовывались от слов, оканчивающихся на -а/-я, и означали принадлежность: «чей сын?» — «Колыбашкин», то есть сын Колыбашки.

Фамилия Колыбашкин встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, особенно в бывших Вологодской, Архангельской и Пермской губерниях. В этих местах слово «колыбашка» в значении «коротышка» было в ходу у крестьян. Среди однокоренных фамилий — Колыбанов, Колыбалкин, Колыбеев, но Колыбашкин стоит особняком благодаря характерному уменьшительному суффиксу.

Таким образом, предки современных Колыбашкиных, скорее всего, получили прозвище за внешность или походку, и оно закрепилось в роду как фамилия. Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к знати у этой фамилии нет — она типично крестьянская, что подтверждается её словообразовательной моделью и географией бытования.