Фамилия Командин образована от прозвища Команда или Командир. В основе обоих вариантов — глагол «командовать», и смысл прозвища понятен без долгих разъяснений. Так могли назвать человека, который либо действительно занимал начальственную должность — военного, старшего в артели, распорядителя работ, — либо просто отличался властным нравом и привычкой всеми повелевать.

С точки зрения словообразования фамилия Командин выглядит нестандартно. Обычно фамилии, образованные от прозвищ и профессий, имеют суффикс -ов или -ев: Командиров, Командов. Форма на -ин встречается реже и чаще указывает на принадлежность к «материнской» основе, оканчивающейся на -а или -я. В этом случае исходным могло быть именно прозвище Команда: Командин — «сын Команды». Второй возможный путь — от основы «командир» с усечением суффикса -ир и добавлением -ин. Такое усечение в народной речи встречалось: командира на деле могли называть просто Командой, а уж потом фамилия закрепилась в форме Командин.

В дореволюционных переписях фамилия встречается сравнительно редко и в основном в центральных и южных губерниях России. Она не относится к дворянским — её носителями были в основном крестьяне, мещане и отставные солдаты. Прозвище Команда в солдатской среде было особенно распространено: так звали унтер-офицеров или просто бойких, распорядительных мужиков, которые умели построить людей.

Двойная версия происхождения (от Команда и от Командир) не противоречит друг другу: обе сводятся к одному корню и одному социальному типажу. Более правдоподобной выглядит версия от прозвища Команда, поскольку именно она объясняет редкий суффикс -ин. Если бы фамилия пошла напрямую от слова «командир», мы бы с большей вероятностью получили Командиров. Значит, предок нынешних Командиных был скорее Командой, чем Командиром.