Фамилия Командины — одна из тех, что образована напрямую от глагола «командовать». В основе лежит прозвище Командир. Так в старину могли назвать человека по двум противоположным причинам: либо он действительно был военным начальником, либо просто любил всеми распоряжаться, держать домашних и соседей «под рукой». Прозвище приживалось, а его носитель, как и его дети, со временем получал фамилию Командин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Командира».

В русской ономастике фамилии на -ин обычно образуются от основ на -а/-я, и здесь это сработало: прозвище Командир сократилось до основы Команд- (с отпадением конечного -ир), что для разговорной речи XVII–XVIII веков совершенно естественно. Такая модель встречается и у других «военных» фамилий: например, Солдатов, Полковников, Майоров — но в случае с Командиным основа уникальна тем, что отталкивается не от звания, а от действия.

Точное место возникновения фамилии Командины сейчас установить трудно. Однако фамилия редкая: в современных базах данных она встречается в основном в центральных и южных регионах России, что может указывать на её более позднее закрепление — возможно, уже в XIX веке, когда военная служба стала массовой, а прозвища такого рода перестали быть исключительно командирскими. В любом случае, фамилия Командины — живой след того, как русский язык превращал характер человека в его родовое имя.