Фамилия Команденко образована по одной из самых распространённых в украинской ономастике моделей: к основе, в роли которой выступило прозвище или мирское имя Команда, добавился патронимический суффикс -енко. В буквальном смысле фамилия означает «сын Команды» или «потомок того, кого звали Команда».

Само прозвище Команда напрямую восходит к глаголу «командовать» — управлять, повелевать. Скорее всего, оно характеризовало человека властного, склонного руководить, либо того, кто занимал должность главы — например, старшего в артели, сельского старосту или военного начальника. В этом смысле прозвище можно отнести к «профессиональным» именованиям: Командой на флоте и в армии называли командира, особенно в военно-морской среде.

Менее очевидная, но заслуживающая внимания версия относит фамилию Команденко к сравнительно позднему пласту «искусственных» фамилий, которые целенаправленно давали солдатам и матросам в ходе Первой мировой войны. По этой гипотезе, прозвище Команда могло быть присвоено новобранцу по его роду службы или должности, а затем закрепилось как фамильное. Такой сценарий объясняет, почему основа фамилии звучит не как типичное личное имя, а как нарицательное понятие из военного обихода.

В любом случае, фамилия Команденко — украинская по происхождению (суффикс -енко характерен для центральных и левобережных регионов Украины) и указывает на то, что предок носителя был известен окружающим под прозвищем Команда, которое и стало родовым именем для его потомков.