Фамилия Команденко, скорее всего, образована от прозвища Команда, которое берет начало от глагола «командовать». Он имеет значение «управлять, повелевать». Вероятно, именование Команда указывает на особенности характера его обладателя. Так могли назвать властного человека или главу чего-либо. Возможно также, что прозвище Команда этимологически связано с нарицательным «командир». Как правило, так называли начальника, командующего какой-либо военно-морской частью. Таким образом, это прозвище могло относиться к числу «профессиональных» именований и указывать на род занятий человека. Наконец, нельзя исключить, что эта фамилия достаточно новая и относится к пласту «искусственных» военных фамилий, появившихся во время Первой мировой войны. Так и прозвище Команда закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Команденко. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Команда, со временем получил фамилию Команденко.