Фамилия Комардина — женская форма, а её мужской вариант — Комардин. В основе лежит прозвище Комарда. Самая прямая версия связывает его с татарским словом «комарда», что означает «комар». Прозвище могли дать человеку невысокого роста, с тонким голосом или, напротив, назойливому и надоедливому. Но есть и другой оттенок: в народных представлениях многих культур комар символизирует ловкость и быстроту. Так что Комардой могли прозвать живого, подвижного человека, скорого в делах.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. В русских фамилиях редко встречается суффикс -дин, чаще — -ин или -ов. Комардин — не от имени Комар с прибавлением -ин, а именно от прозвища Комарда. Такая форма указывает на то, что прозвище было полным и самостоятельным, а не просто уменьшительным от «комар». Это отличает фамилию от более распространённых Комарова или Комаровского.

Процесс закрепления фамилий в разных сословиях шёл неравномерно. У крестьян и мещан фамилии часто фиксировались поздно, в XIX веке, и могли меняться при переписях. Поэтому точное место и время возникновения рода Комардиных можно установить только через генеалогические изыскания — по ревизским сказкам или метрическим книгам.