Фамилия Комарницка — это женская форма фамилии Комарницкий, и уже в этом её главная особенность. В русской традиции такие фамилии на -цка/-цкий почти всегда указывают на географическое происхождение. Основа здесь — не имя и не прозвище, а название места: скорее всего, села или местечка с корнем «комар-». В славянской топонимике таких названий немало — Комары, Комарово, Комарно. Переселенец из такого места получал прозвище «Комарницкий», то есть «тот, кто из Комарного» или «из Комаров».

Суффикс -ицк- (в мужском варианте -ицкий) типичен для польской и западнорусской ономастики, особенно для шляхетских фамилий Речи Посполитой. В отличие от массовых русских фамилий на -ов/-ин, такие формы часто носили люди, имевшие отношение к мелкопоместному дворянству или казачеству. Впрочем, фамилия могла закрепиться и за крестьянином, которого записали по месту выхода — так называемые «выезжие» фамилии были распространены на пограничье России и Польши.

Есть и более прозаичная версия: фамилию могли дать человеку, который занимался ловлей комаров или жил в комарином месте, но это маловероятно — топонимическое объяснение надёжнее. В пользу географической основы говорит и то, что фамилия Комарницкий встречается в документах XIX века на территории современных Украины, Беларуси и Польши, особенно в Волынской и Гродненской губерниях.

Женская форма Комарницка закрепилась в русском обиходе как указание на замужнюю женщину или дочь из рода Комарницких. В современной России и Украине эта фамилия редкая, но не исчезнувшая — её носители живут в основном в западных областях, что подтверждает её западнославянские корни.