Фамилия Комарницький образована от прозвища или мирского имени Комар. В древнерусской традиции имя Комар давали младенцу, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего — считалось, что вместе с именем к человеку перейдут качества, приписываемые этому насекомому: ловкость и быстрота. Параллельно существовала и бытовая версия прозвища: так могли прозвать невысокого или, напротив, надоедливого человека.

Словообразовательная модель фамилии указывает на её польское или западноукраинское происхождение. Суффикс -ицьк- (в украинской передаче -ицький, в польской -icki) характерен для шляхетских фамилий Речи Посполитой, образованных от названий местностей. Комарницький — скорее всего, тот, кто родом из села Комарники или Комарно. Такие топонимы встречаются на западе Украины (Львовщина, Ивано-Франковщина) и в Польше. Таким образом, фамилия могла закрепиться за переселенцем из этих мест, а не напрямую за носителем прозвища.

Интересно, что в русских говорах слово «комарник» означало «мошкара», а в польском языке komarnik — «охотник на комаров» или «человек, живущий в болотистой местности, где много комаров». Однако основная версия остаётся топонимической: фамилия Комарницький сообщает о географическом корне предка, а не о его характере или росте.