Фамилия Комарська — это женская форма фамилии Комарський, и её происхождение напрямую связано с географическим названием. Основа здесь — топоним (название населённого пункта), образованный от слова «комар». Таких сёл и деревень с корнем Комар- в Украине, Польше и Беларуси десятки: Комары, Комарівка, Комарно. Суффикс -ськ- (в польском варианте -ski) в восточнославянских и польских фамилиях указывал на связь человека с местом: «тот, кто из Комарівки» или «владеющий землёй в Комарно». Модель образования типична для шляхетских фамилий Речи Посполитой, где окончание -ський/-цький закреплялось за дворянами, но позже распространилось и среди крестьян, особенно в западных губерниях Российской империи.

В отличие от прозвищных фамилий (вроде Комар, Комаров), где основа прямо указывала на человека с комариным характером или внешностью, Комарська — это «географическая» фамилия. В польской традиции пан Кома́рский мог владеть фольварком Комары, а его жена или дочь носила форму Комарська. В украинском и белорусском контексте фамилия встречается реже, но фиксируется в Волынской, Подольской и Гродненской губерниях — как раз в зоне смешения польского и восточнославянского влияния.

Написание через «сь» (Комарська, а не Комарская) — это прямая транслитерация украинской или польской орфографии. Если бы фамилия русифицировалась в XIX веке, её записали бы как Комарская. Сохранение мягкого знака говорит о том, что носители либо сохранили исходное произношение, либо фамилия была записана в документах уже в XX веке, когда украинское правописание устоялось.

Есть и другая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Комарь (в диалектах — «комар» или «комариный человек») с добавлением суффикса -ськ-, но тогда логичнее была бы форма Комарьська, которая не встречается. Поэтому топонимическая гипотеза — основная. Споров у ономастов эта фамилия не вызывает: слишком прозрачен суффикс и слишком много реальных сёл с таким корнем.