Фамилия Комиссарчиков — редкий пример того, как официальный чин или должность превратились в прозвище, а затем в фамилию, пройдя через уменьшительно-ласкательную форму. В основе лежит слово «комиссар», но не в советском, а в дореволюционном значении. В Российской империи комиссарами называли должностных лиц с особыми поручениями: военных чиновников, ведавших снабжением, или чинов полиции, а также управляющих имениями у помещиков. Фамилия образовалась не напрямую от «комиссар», а от прозвища Комиссарчик — так могли назвать сына комиссара, младшего помощника или просто человека невысокого роста, занимавшего эту должность. Суффикс -чик в русских прозвищах часто имел уменьшительный или «подчиненный» оттенок, указывая на младшего по возрасту или статусу.

Сама фамилия построена по патронимической модели: сначала появилось прозвище Комиссарчик (чей? — сын Комиссарчика), которое закрепилось за детьми. Затем к нему добавился суффикс -ов, превративший прозвище в фамилию Комиссарчиков. Эта модель типична для южнорусских и центральных регионов, где фамилии на -ов и -ев образуются от прозвищ, оканчивающихся на согласный. В отличие от более распространенных Комиссаров или Комиссаренко, форма Комиссарчиков встречается редко и говорит о том, что предок носителя фамилии, скорее всего, не был крупным чиновником, а занимал скромную должность или был младшим в роду.

Филолог Б. Унбегаун в своем труде «Русские фамилии» отмечает, что прозвища с суффиксом -чик, перешедшие в фамилии, часто отражают не столько профессию, сколько отношение окружающих — ласкательное или пренебрежительное. В случае с Комиссарчиковым прозвище могло возникнуть в крестьянской или мещанской среде, где «комиссарчиком» иронично называли мелкого начальника или приказчика. Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью, где были распространены военные поселения и волостные комиссары. В советское время, когда слово «комиссар» приобрело идеологический вес, носители фамилии могли испытывать неудобство, но сама фамилия сохранила память о старом, дореволюционном укладе.