Фамилия Комизаров — один из тех случаев, когда написание обманчиво. На слух она легко путается с более распространённой фамилией Комаров, но корень у них разный. В основе Комизарова лежит не комар, а слово «комиссар». Это типичная «фонетическая» фамилия: в устной речи двойное «с» упрощалось, а безударное «и» звучало как нечто среднее между «и» и «е» — отсюда и закрепившееся на письме «Комизаров» вместо ожидаемого «Комиссаров».

Слово «комиссар» пришло в русский язык из немецкого (Kommissar) через польский, а в конечном счёте из латыни — commissarius означает «уполномоченный». В России этот титул носили люди, облечённые властью: от военных комиссаров петровской эпохи до народных комиссаров советского времени. Однако фамилия Комизаров, скорее всего, возникла не в XX веке, а раньше. В XVIII–XIX веках комиссарами называли чиновников, ведавших снабжением армии, сбором податей или хозяйственными делами. Прозвище Комиссар (а затем и фамилия) мог получить либо сам такой служащий, либо его крепостной — в качестве ироничного прозвища за важный вид или строгий нрав.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность — «сын комиссара» или «из семьи Комиссара». Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог: Комизаро́в, как и в исходном слове «комисса́р». Встречаются и варианты написания — Комисаров (с одной «с») или Комиссаров (с двумя), но Комизаров с буквой «з» — самый редкий и показательный именно для устной традиции, где звук «с» перед звонкой гласной озвончался.

Географически фамилия не привязана к одной области, но чаще встречается в южнорусских и поволжских регионах, где говор с его аканьем и озвончением согласных был особенно силён. Таким образом, Комизаров — не «испорченная» фамилия, а живое свидетельство того, как звучала речь предков: они произносили «камисар», а писарь записывал на слух.