Фамилия Комлягина — женская форма фамилии Комлягин, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. Основа здесь — «комляг-», а суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — сын Комляги. В русских фамилиях суффикс «-ин» обычно присоединялся к основам, оканчивающимся на «-а» или «-я», что и произошло в данном случае. Исходное прозвище или неканоническое имя — Комляга.

Само слово «комляга» в русских говорах имеет несколько значений, и самое вероятное связано с «комель» — толстый конец бревна, пень, основание дерева. Комлягой могли назвать коренастого, приземистого человека, крепыша с широкими плечами. В диалектах также встречается значение «неповоротливый, неуклюжий человек», но в ономастике чаще берётся первая, более нейтральная характеристика внешности. Вторая версия, менее распространённая, связывает прозвище с комлеванием — сплавом леса или заготовкой брёвен, тогда Комляга — это лесоруб или сплавщик, то есть прозвище по роду занятий.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных регионах России, особенно в бывших Новгородской и Вологодской губерниях, где лесные промыслы и плотницкое дело были основой хозяйства. Есть и параллельная форма — Комляков, образованная от той же основы, но с другим суффиксом, что подтверждает распространённость прозвища в крестьянской среде. Значит, предки носительницы фамилии Комлягина — скорее всего, люди из северных или центральных областей, получившие прозвище либо за плотное телосложение, либо за работу с лесом.