Фамилия Комлюкова — женская форма фамилии Комлюков. Её основа — прозвище или нецерковное имя Комлюк, а в нём, скорее всего, скрывается слово «комель» или «комолый». Разберёмся по порядку.

В русских говорах «комель» — это утолщённая нижняя часть дерева, а также грубая, толстая часть чего-либо. Прозвище Комель могли дать человеку коренастому, плотному, с широкими плечами. У слова есть и переносное значение: так называли упрямого, несговорчивого человека («комлястый» — строптивый). Фамилия образована через суффикс -юк, который в восточнославянских фамилиях часто указывал на принадлежность или характерный признак: Комлюк — «сын или потомок Комеля», «человек, похожий на Комеля». Суффикс -юк особенно типичен для украинских и белорусских фамилий, а также для южнорусских областей (Брянщина, Курщина, Белгородчина). Это сразу даёт географическую привязку: корни фамилии, вероятно, с запада или юго-запада России.

Есть и вторая версия, более редкая. «Комолый» — безрогий, о комолой корове или быке. Прозвище Комолый или Комлюк могли дать человеку с гладкими, без залысин, волосами или — в переносном смысле — безобидному, кроткому. Эта гипотеза менее вероятна: прозвища от «комель» встречаются в документах XVI–XVII веков (например, крестьянин Комель в новгородских писцовых книгах), а «комолый» чаще оставался прилагательным, не став личным именем.

Фамилия редкая, не входит в сотни самых частотных. Её носительницы — в основном жители центральной России и Поволжья, но встречаются и на Урале, куда переселенцы принесли фамилию в XVIII–XIX веках. Ударение, по правилам русских фамилий на -ов/-ев, падает на последний слог: Комлюко́ва, хотя в бытовой речи иногда слышат Комлю́кова — это диалектное смещение.