Фамилия Комляшкина — женская форма фамилии Комляшкин, и её разговорный, почти бытовой суффикс -к- сразу выдаёт неофициальное происхождение. В русской ономастике фамилии на -кин и -шкин обычно образовывались от прозвищ или имён, оканчивающихся на -ка, -ша, -я: Комляшка → Комляшкин. То есть предок носителя фамилии в мужском роде звался Комляшкой, а его потомки стали Комляшкиными. Суффикс -ин (в форме Комляшкин) указывает на принадлежность: «чей?» — Комляшкин, то есть сын или человек из рода Комляшки.

Основа «Комляш-» вызывает несколько версий, и самая вероятная связана со словом «комель» — утолщённая нижняя часть дерева, ствола или корня. Комляшкой в диалектах (особенно северных и сибирских) могли назвать коренастого, приземистого человека или того, кто работал с комлями, скажем, плотника или лесоруба. Менее убедительна связь с «ком» (комок) или с глаголом «комкать» — это давало бы прозвище человеку неопрятному или мнущему что-либо, но диалектная форма «комля» встречается именно в значении «толстый конец бревна».

Фамилия редкая, географически тяготеет к центральным и поволжским областям России, но встречается и на Урале. В дореволюционных переписях Комляшкины — почти поголовно крестьяне или мещане, дворянской ветви не зафиксировано. Интересно, что однокоренные фамилии (Комлев, Комельков, Комель) более распространены, а Комляшкин сохраняет уменьшительный оттенок: прозвище Комляшка могло быть не только описательным, но и шутливым, ласкательным.

Других версий — например, от тюркского или финно-угорского корня — нет, и притягивать их не стоит: слово «комель» общеславянское, и фамилия укладывается в типичную русскую словообразовательную модель.