Фамилия Комлюхины — один из тех редких случаев, когда суффикс указывает на регион точнее, чем корень. Перед нами типично северорусская модель на -ихин, которая распространена в основном в Архангельской, Вологодской и Вятской губерниях. Такие фамилии (с ударением на последний слог) образовывались от прозвищ или имён в родительном падеже множественного числа: «из дома Комлюхи» — то есть «чей?» — Комлюхиных. Со временем окончание застыло, и фамилия стала склоняться по образцу притяжательных прилагательных.

Корень Комл- — самый спорный элемент. В диалектах русского языка слово «комель» (или «комлёк») означало нижнюю, утолщённую часть дерева, пень, а также грубый, неотёсанный человек. Если прозвище Комлюха дали плотнику или лесорубу, который работал с комлями, — это одна версия. Если же так называли человека коренастого, приземистого или упрямого, как пень, — другая.

Есть и менее очевидный вариант: в некоторых говорах «комлюхой» называли небольшую копну сена или сноп, который ставят комлем вниз. Прозвище мог получить крестьянин, занятый сенокосом, или человек невысокого роста, «коротышка».

Фамилия Комлюхины — не единичный случай. В ономастике известны однокоренные варианты: Комлев, Комельков, Комляков. Но именно суффикс -ихин выдает в носителях выходцев из северных земель, где такая модель была продуктивной в XVI–XVII веках. В центральной России предпочитали форму Комлевы, а на Севере закрепилась именно Комлюхины.

Точное время возникновения фамилии установить сложно: процесс шёл постепенно, и в разных семьях фамилия могла оформиться в разное время. Однако можно уверенно сказать, что основа прозвища — народная, диалектная, без книжного или церковного влияния. Это имя-характеристика, которое давали по внешности, занятию или повадке.

Сегодня носители фамилии встречаются редко, что только подчёркивает её локальный характер. Если ваши предки — Комлюхины, стоит обратить внимание на переписи населения северных уездов и писцовые книги XVII века: именно там с наибольшей вероятностью можно найти первое упоминание этой фамилии.