Фамилия Коммогоров — редкий случай, когда написание сразу наводит на ложный след. Двойное «м» в корне выглядит как иноязычное заимствование, но на деле перед нами чисто русская фамилия, искажённая грамотой или переписью. Правильнее всего видеть в ней вариант фамилии Комогоров, а ту, в свою очередь, — производную от прозвища Комогор.

Разберём основу. «Ком» в русских говорах — это не только комок, но и, например, медведь (от «ком» — шерсть, клок). «Гора» — понятное слово. Прозвище Комогор мог получить человек плотного, коренастого телосложения («комом с гору»), либо тот, кто жил у горы, поросшей лесом, — «комлистой горы», то есть с пнями и корягами. В северных и сибирских говорах «комогором» называли нелюдимого, замкнутого человека, который «живёт комом», то есть особняком.

Суффикс -ов типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён. Он отвечает на вопрос «чей?»: сын Комогора — Комогоров. Двойное «м» в современном написании — скорее всего, результат поздней канцелярской ошибки или сознательного «облагораживания» фамилии под влиянием иностранных слов (ср. «коммуна», «комментарий»). В дореволюционных метрических книгах эта фамилия встречается и с одним «м», и с двумя, причём в одной семье могли писать по-разному.

Географически фамилия Коммогоров (и её вариант Комогоров) тяготеет к северо-востоку Европейской России: Вятская, Пермская, Вологодская губернии. Это область, где прозвища с корнем «ком» были особенно распространены из-за местных говоров и лесного промысла. Предки носителей фамилии — скорее всего, государственные или черносошные крестьяне, реже — люди посадские. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Словообразовательно фамилия стоит в одном ряду с Комолов, Комов, Комягин. Но Коммогоров выделяется тем, что в основе — не просто «ком», а сложное слово, описывающее либо внешность, либо место жительства, либо характер. Это делает её более конкретной и живописной, чем многие «простые» фамилии того же корня.