Фамилия Комнаткин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с профессией или внешностью, а с бытовым положением человека. Вопреки первому впечатлению, она не имеет отношения к помещению («комната») в современном смысле. Скорее всего, прозвище Комнатка получил человек, который жил не в собственном доме, а в «комнатке» — то есть в съёмном или маленьком отдельном помещении при чьём-то хозяйстве. В крестьянской среде это могло означать безземельного батрака, «захребетника», который не имел своей избы и угла. В городах так называли приживалов, жильцов в углах или мелких ремесленников, снимавших каморку.

Слово «комнатка» — уменьшительная форма от «комната», которое вошло в русский язык из польского (komnata) и изначально означало богато убранную палату, но к XVII–XVIII векам стало обозначать любое жилое помещение в доме. Уменьшительный суффикс -к- в прозвище добавлял оттенок пренебрежения или жалости. Фамилия образована по простой модели: прозвище Комнатка + патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («сын Комнатки»). Это типичная «полуотчество» форма, характерная для центральных и северных губерний России.

В ономастических справочниках фамилия не фиксируется как широко распространённая, что подтверждает её локальный характер. Встречается она, по данным современных телефонных справочников, преимущественно в Поволжье и на Урале — регионах активного переселения крестьян в XVIII–XIX веках. Интересно, что фамилия Комнаткин могла возникнуть независимо в разных местах как прозвище «пришлого» человека, не имеющего своего дома. Других версий, связывающих её, например, с профессией или именем, не существует — корень слишком прозрачен и не даёт повода для спекуляций. Таким образом, предок Комнаткин — это, скорее всего, человек без собственного хозяйства, живший «в людях» на подворье.