Фамилия Комнатовская — редкий случай в русской ономастике: её основа не связана ни с профессией, ни с именем, ни с животным, а с бытовым предметом — комнатой. Но здесь есть подвох. Прямое значение «относящийся к комнате» для прозвища маловероятно: вряд ли кого-то называли «комнатой» в прямом смысле. Скорее всего, перед нами топонимическая фамилия, образованная от названия населённого пункта — Комнатово, Комнатовка или Комнаты. Такие деревни могли получить имя от фамилии владельца или от особенности местности (например, «комната» в диалектах могла означать отдельную клеть, горницу или даже небольшое строение). В этом случае суффикс -ск- указывает на принадлежность к месту: Комнатовский — тот, кто родом из Комнатова.

По модели образования Комнатовская — типичная «дворянская» или «польская» форма на -ский/-ская. В XVIII–XIX веках такие фамилии часто получали выходцы из шляхты или духовенства, а также крестьяне, переселившиеся из сёл с соответствующим названием. Если предки были дворянами, то фамилия могла закрепиться за поместьем. Если крестьянами — то по месту жительства, когда после отмены крепостного права бывшим крепостным давали фамилию по названию села.

Версия с прозвищем тоже существует, но слабее. В русских говорах «комната» иногда значила «чулан» или «кладовая», и так могли прозвать человека, жившего в отдельной пристройке, или того, кто запирался в своей горнице. Однако для фамилии на -ский это нетипично — такие суффиксы редко цепляются к бытовым прозвищам, они скорее указывают на географию.

Фамилия почти не встречается в исторических документах, что говорит о её локальном бытовании. Скорее всего, Комнатовские — потомки одной семьи из небольшого региона, возможно, из бывших польских или белорусских земель, где форма на -ский распространена шире. В современной России фамилия редкая, её носители живут в основном в центральных областях и на юге.