Фамилия Комнатная — довольно редкий пример, когда в основе фамилии лежит не имя, не профессия, а прозвище, связанное с бытовым понятием «комната». Слово «комната» пришло в русский язык из польского (komnata), а туда — из итальянского (camera, camerata), и первоначально означало «покой», «палата» или просто «отгороженное помещение». В фамилии сохранилась именно эта, бытовая, а не архитектурная или официальная окраска.

Прозвище Комната, от которого образована фамилия, скорее всего, носило иронический оттенок. Комнатой в народе могли назвать человека нелюдимого, скрытного, предпочитающего сидеть взаперти, «в четырёх стенах», — того, кто редко выходил в люди или сторонился шумных сборищ. В крестьянской среде, где жизнь была общинной и открытой, такое прозвище звучало метко и язвительно. Впрочем, не исключён и более прозаичный вариант: прозвище мог получить человек, чья обязанность или привычка была связана с уборкой, присмотром за комнатами — например, слуга, ключник или горничная.

Фамилия оформлена по продуктивной модели с суффиксом -н- и окончанием -ая, что характерно для русских фамилий, возникших от прилагательных. Такая форма типична для южнорусских и украинских говоров, где фамилии на -ий/-ая особенно распространены. В официальных документах фамилия закрепилась как Комнатная, хотя в быту могла встречаться и в мужском варианте Комнатный.

Географически фамилия тяготеет к западным и южным областям России, а также к Украине — именно там слово «комната» раньше всего вытеснило старорусские «горница», «светлица» или «покой». Встречается фамилия и у потомков крестьян, и у мещан, но никогда не была дворянской или родовой — это чисто бытовое, «народное» прозвище, ставшее фамилией.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями (Комнатов, Комнатнов), то Комнатная стоит особняком: она сохранила форму женского рода, что нередко бывает, когда фамилию давали по матери или когда в семье не было мужчин-носителей. В современной России это редкая фамилия, и её носители, скорее всего, происходят из одной или нескольких родственных ветвей, разошедшихся по разным регионам.