Фамилия Комышенец — редкий случай, когда географическая основа просматривается почти безошибочно. Её ядро — топоним Комышня или Комышино. На карте России и Украины есть несколько сёл с таким названием: например, Комышня в Полтавской области или Комышино в Курской. Суффикс -енец указывает на выходца из этого места: «комышенец» — человек, который родом из Комышни. Такая модель образования типична для украинских и южнорусских фамилий, где -ец/-енец прикрепляли к названию села, чтобы обозначить переселенца.

Менее вероятна, но возможна связь с прозвищем от слова «комышь» — южнорусского и украинского диалектного варианта «камыш». В этом случае Комышенец мог быть человеком, жившим у камышовых зарослей или занимавшимся их заготовкой. Однако против этой версии говорит то, что прозвища от растений обычно давали с суффиксом -ник (Комышник) или вовсе без него (Комыш). Суффикс -енец прочнее привязан к географическому имени.

Фамилия почти не встречается в старых дворянских родословных книгах — это верный признак крестьянского или казачьего происхождения. Носители фамилии, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, которые в XVIII–XIX веках получили фамилию по месту прежнего жительства при переписях. В современных справочниках фамилия фиксируется как редкая, с очагами бытования на востоке Украины и в приграничных областях России (Курская, Белгородская, Воронежская).

Интересная деталь: у фамилии есть варианты написания через «а» — Камышенец, что сближает её с литературным «камыш». Но это, скорее, поздняя орфографическая путаница, а не исконная форма. Первоначальное «о» в корне (Комышенец) надёжнее указывает на конкретный топоним, а не на нарицательное растение.