Фамилия Комышон — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает все прочие версии. Носители этой фамилии, как правило, родом с запада или юго-запада России, из регионов, где сильно украинское и белорусское влияние. Искать её корни стоит не в русском, а в украинском языке.

Основа фамилии — слово «комиш» или «комыш». Это южнорусский и украинский диалектный вариант слова «камыш». Разница в первой гласной не случайна: в украинском языке «а» под ударением часто переходит в «о» (аканье работает наоборот), и «камыш» звучит как «комиш». Соответственно, прозвище Комыш могли дать человеку высокому, худому и долговязому — по аналогии с тонким стеблем камыша. Либо тому, кто жил у заросшего камышом берега реки или болота.

Суффикс -он в фамилии Комышон — не уменьшительно-ласкательный, а указательный. В украинской и белорусской традиции суффикс -он (-ён) часто выполнял роль, аналогичную русскому -ов: он обозначал сына или потомка. Комышон — это буквально «сын Комыша» или «маленький Комыш». По модели образования фамилия абсолютно прозрачна и стоит в одном ряду с украинскими фамилиями вроде Шевчонок, Ковалёнок, где суффикс указывает на прямую родственную связь.

Есть и менее вероятная версия, связывающая фамилию с тюркским словом «комуш» — «серебро» или «серебряный». Но она плохо объясняет суффикс -он и не находит подтверждения в географии фамилии. Тюркские корни чаще дают фамилии на -ов (Комушев), а не на -он. Поэтому связь с камышом и украинской диалектной средой остаётся основным и самым логичным объяснением.

В дореволюционных метрических книгах фамилия почти не встречается за пределами Черниговской, Полтавской и Харьковской губерний. Это ещё раз подтверждает её локальный характер: Комышоны — скорее всего, потомки крестьян или казаков из левобережной Украины, получивших прозвище по внешности или месту жительства.