Фамилия Кончушкин — редкий пример, когда в основе лежит не имя и не профессия, а слово, вышедшее из живого обихода. Корень «конч-» в русских говорах означал «конец», «край». Прозвище Кончушка могли дать человеку, жившему на краю деревни, или тому, кто чем-то завершал ряд — например, был младшим сыном, последним в очереди наследников. В некоторых диалектах «кончушка» — это ещё и небольшая оконечность, мысок на реке, так что прозвище могло быть чисто географическим.

Суффикс «-ушк-» в фамилиях встречается нечасто. Обычно он образует ласкательные формы имён (Ванюшка, Петрушка), но в прозвищах мог придавать оттенок уменьшительности или, наоборот, ироничной ласки. Кончушкин — это буквально «чей-то маленький крайний». Формант «-ин» указывает на принадлежность: сын Кончушки, человек из рода Кончушкиных.

В ономастических справочниках фамилия не описана подробно, что говорит о её локальном бытовании. Вероятнее всего, она возникла в северных или центральных областях России, где диалектное слово «конч» фиксировалось этнографами. Встречаются однокоренные варианты — Кончов, Кончаков, но Кончушкин стоит особняком из-за своего редкого уменьшительного суффикса.

Фамилия недворянская, скорее крестьянская или мещанская. В дореволюционных переписях её носители могли записываться как «Конюшкин» — из-за акающего произношения и неграмотности писарей, но корень здесь другой, не имеющий отношения к коню. Спорных версий у фамилии практически нет: основа прозрачна, хотя и неочевидна для современного уха.