Фамилия Кондейкина — женская форма, а мужская, Кондейкин, образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы на -а или -я через суффикс -ин. Это сразу говорит, что в основе лежит прозвище или имя Кондейка. Что скрывается за этим уменьшительным суффиксом — вопрос более интересный.

Самая прямая и правдоподобная версия: Кондейка — это производная форма от канонического крестильного имени Кондратий (в народной речи — Кондрат). Уменьшительные имена с суффиксом -ейк(а) типичны для северных и центральных говоров: Кондрат → Кондрайка → Кондейка, где произошло упрощение группы «-др-» и выпадение звука. Сравните: Андрей → Андрейка, Матвей → Матвейка. Фамилия Кондейкин, таким образом, означает «сын Кондейки», то есть потомок человека, которого в быту звали Кондейкой.

Есть и более редкая, но возможная версия, связанная с диалектным словом. В некоторых говорах «кондейка» или «кондей» могло обозначать небольшой сосуд, ковш или даже особый вид шапки. Если прозвище дали по предмету обихода или головному убору, оно могло закрепиться за мастером, который такие вещи делал, или за человеком, который их постоянно носил. Однако эта версия менее вероятна, так как для фамилии на -ин гораздо типичнее происхождение от личного имени.

Фамилия не относится к числу дворянских и не встречается в родословных книгах. Скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая не позднее XVII–XVIII веков. Географически она тяготеет к центральным и северным областям России — там, где имя Кондрат было особенно популярно и где живёт традиция образования уменьшительных форм на -ейка. Встретить Кондейкиных можно в старых документах по Вологодской, Костромской и Нижегородской губерниям — именно там фамилия фиксируется в метрических книгах XIX века.