Фамилия Кондеикина — женская форма фамилии Кондеикин, и её разбор стоит начать с неочевидного, но ключевого суффикса. В русских фамилиях суффикс -ин традиционно указывает на принадлежность: «чей?» — Кондеикин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Кондейка. Но сама основа «Кондейк-» — это не имя и не профессия, а уменьшительная форма, что сразу сужает круг поисков.

В основе лежит прозвище Кондейка. Скорее всего, оно образовано от слова «кондей» — так в некоторых южнорусских и украинских говорах называли небольшой кожаный кошель, мешочек для денег или табака. Прозвище Кондейка могли дать человеку бережливому, запасливому, либо, наоборот, тому, кто постоянно носил с собой такую кису. В ономастике есть параллели: фамилии Кошелев, Мошков, Кисляков — все они восходят к ёмкостям для хранения, что подтверждает типичность такой модели.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с личным именем Кондрат (Кондратий). В народной речи имя Кондрат могло сокращаться до Кондей, а затем получать уничижительный или уменьшительный суффикс -к(а): Кондейка. Однако в этом случае ожидалась бы фамилия Кондратьев или Кондеев, а суффикс -к- здесь выглядит как вторичное образование, что делает версию с прозвищем от «кондея» более прямой и правдоподобной.

Географически фамилия Кондеикин тяготеет к югу России — к Курской, Белгородской, Воронежской областям, где говоры сохраняли слово «кондей». Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: прозвище дали одному человеку или одной семье, и фамилия не разошлась широко по стране. Социально носители фамилии, вероятно, были крестьянами или мещанами — в дворянской среде такие бытовые прозвища в -ка обычно не закреплялись.

Если сравнивать с однокоренными, то фамилия Кондеикин стоит особняком. Есть фамилия Кондеев (от того же «кондей», но без уменьшительного суффикса), а также Кондаков (от «кондак» — краткая церковная песнь, совсем другой корень). Путать их не стоит: Кондеикин — редкий пример, когда суффикс -к- в прозвище сохранился в фамилии целиком, а не отпал, как в большинстве случаев (ср. Козлов — от Козёл, а не Козлик).