Фамилия Кондовина — женская форма фамилии Кондовин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Кондый. В основе лежит прилагательное «кондовый», которое в русских говорах имело два основных значения. Первое — «крепкий, плотный, смолистый» (обычно о древесине: кондовая сосна — это дерево, выросшее на сухом месте, с мелкослойной и твёрдой древесиной). Второе, переносное, значение — «коренной, исконный, старожилый» (кондовый крестьянин, кондовый русский быт). Прозвище Кондой могли дать либо человеку крепкого телосложения, либо тому, кто вёл традиционный, устоявшийся образ жизни и держался корней.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кондовин — «сын Кондого» или «человек из семьи Кондых». Это типичная патронимическая модель для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин так же распространены, как на -ов. Географически фамилия тяготеет к Русскому Северу, Поволжью и Уралу — регионам, где слово «кондовый» в прямом значении (о лесе) было в ходу у плотников, смолокуров и охотников. Встречается и вариант Кондовина, и ударение чаще падает на второй слог: Кондо́вин.

Стоит отличать эту фамилию от фамилии Кондаков (от «кондак» — церковное песнопение) и от фамилии Кондров (от названия города Кондрово). Кондовин имеет чисто диалектную, бытовую основу, без церковного или топонимического следа. Если предки носителя фамилии были из Архангельской или Вологодской губернии, велика вероятность, что прозвище Кондой дали лесорубу или смолокуру, работавшему с кондовой сосной. Если же семья происходила из более южных областей, скорее сработало переносное значение — «коренной житель», «старообрядец» или просто «упрямый, основательный человек».