Фамилия Кондюкова — женская форма фамилии Кондюков, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Кондюк. Основа здесь неочевидна на первый взгляд, но если отбросить типичный для русских фамилий суффикс -ов, остаётся корень «конд-». Он встречается в нескольких диалектных словах. Самое вероятное — «конд» или «конда», что в северных и сибирских говорах означало «сосновый лес на сухом месте», «бор». Отсюда — «кондовый»: крепкий, плотный, смолистый. Прозвище Кондюк могли дать человеку коренастому, крепкому, «сбитому», как кондовое дерево. Вторая версия отсылает к старинному личному имени Кондратий (в просторечии Кондрат, Кондюк), которое через греческое «кондратос» переводится как «копьеносец». В этом случае фамилия — отчество в третьем поколении: внук Кондюка, сын Кондрата.

Модель образования проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — Кондюков), то есть «сын Кондюка». Такая форма типична для великорусских фамилий, сложившихся в XV–XVII веках в среде служилых людей, крестьян и посадских. Суффикс -юк в основе (Кондюк) — уменьшительно-ласкательный или, реже, указывающий на сына (как в украинской модели). Это даёт намёк на возможное южнорусское или украинское происхождение самого прозвища, хотя фамилия в форме Кондюков встречается по всей России.

Географически фамилия Кондюков (и Кондюкова) относительно редка, но заметна в Воронежской, Ростовской областях и в Краснодарском крае — регионах, где исторически смешивались великорусское и малороссийское население. Встречается она и в Поволжье, что может быть связано с переселениями крестьян в XVIII–XIX веках. Сословно носителями чаще всего были крестьяне или однодворцы — потомки служилых людей «по прибору», которые несли сторожевую службу на южных рубежах.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Кондин, Кондаков, Кондюков — показывает, что все они вышли из одного гнезда, но разошлись по разным говорам. Кондаков, например, чаще связывают с тюркским «кондак» (колыбель) или с прозвищем Кондак от «кондачка» (с наскока), тогда как Кондюков прочнее держится за славянскую «древесную» семантику. Таким образом, предок современной Кондюковой, скорее всего, был человеком «кондовым» — основательным, крепким, возможно, жившим у бора или носившим имя в честь святого Кондрата.