Фамилия Кондукова ведёт начало от мужской формы Кондуков, а та — от прозвища или нецерковного имени Кондук. Основа здесь — тюркское слово «кондук» или «кундук», которое в ряде тюркских языков означало «короткий», «низкорослый». Так могли прозвать невысокого человека, и прозвище закрепилось за ним или его детьми как фамильное имя. В русской среде это тюркское заимствование встречается в южных и восточных регионах, где контакты с тюркскими народами были плотными — в Поволжье, на Урале, в казачьих областях.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов/-ев присоединялся к основе на согласный, указывая на принадлежность («чей?» — сын Кондука). Окончание -а в женской форме Кондукова — грамматический показатель рода, а не отдельная фамилия.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным русским глаголом «кондукать» — в некоторых говорах так называли воркование голубя или негромкое бормотание. Тогда прозвище Кондук мог получить человек с тихой, невнятной речью. Но эта гипотеза уступает тюркской по распространённости корня в ономастиконе — фамилии с основой «кондук-» встречаются именно в зонах тюрко-славянского пограничья, тогда как глагол «кондукать» узко локален и почти не оставил следов в фамильной системе.

По сословной принадлежности Кондуковы могли быть крестьянами, однодворцами или казаками — точных данных по конкретным родам нет, но география фамилии (юг России, Зауралье) подсказывает, что дворянских корней у неё, скорее всего, не было. Встречается фамилия и у татар, и у русских, что лишний раз указывает на общую тюркскую основу, адаптированную русским суффиксом.