Фамилия Конилов — редкий пример того, как одно и то же слово могло стать основой для прозвища в двух совершенно разных сословиях. Скорее всего, в её основе лежит нецерковное имя или прозвище Конило. В русских говорах «конило» — это не только тот, кто конюет, то есть пасёт или ухаживает за лошадьми, но и, по данным диалектных словарей, упрямый, своенравный человек, которого «не объездить». Фамилия образована по стандартной патронимической модели: суффикс -ов присоединялся к основе прозвища, указывая на принадлежность потомку человека по прозвищу Конило. Таким образом, первый Конилов — это «сын Конила».

Интересна альтернативная версия, связанная с духовенством. В семинарской среде было принято давать фамилии по церковным праздникам или именам святых. Конилов могла возникнуть от латинского «concilium» (совет, собор) — в честь Вселенских соборов. Однако эта версия менее вероятна для массовой фамилии: искусственные семинарские фамилии чаще оканчивались на -ский (Соборский, Концилиев), а не на -ов. Кроме того, в документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские с прозвищем Конил, что говорит о народном, а не книжном происхождении.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России. В переписных книгах Вологодчины и Костромской губернии изредка встречаются Кониловы — чаще всего в среде государственных крестьян, занимавшихся извозом или коневодством. Это косвенно подтверждает «лошадиную» версию: прозвище мог получить конюх, барышник или просто человек, чья работа была неразрывно связана с лошадьми.

В современной России фамилия остаётся сравнительно редкой. Её носители сосредоточены в основном в Поволжье и на Урале, что может говорить о миграции крестьян в XIX веке. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Кони́лов — это соответствует типичной модели ударения в отпрозвищных фамилиях на -илов (ср. Косилóв, Крути́лов).